蛋白質結晶是研究蛋白質結構和功能的關鍵手段,對理解生物大分子作用、疾病機制及藥物開發(fā)至關重要。它涉及蛋白質分子在溶液中規(guī)則堆積形成有序晶體的過程,受蛋白質純度、濃度、緩沖液成分等多種因素影響。為獲高質量晶體,需進行樣品制備、條件篩選與優(yōu)化等。蛋白結晶研究推動生物學和醫(yī)學領域發(fā)展,支持藥物設計和蛋白質工程。本文概述了蛋白質結晶的制備、方法、篩選、優(yōu)化等要點,為相關研究提供參考。
一 蛋白質晶體的發(fā)展史
蛋白質晶體的研究始于19世紀中期,Hunefeld首先報道了血紅蛋白晶體。到了20世紀,結晶技術成為提純和研究蛋白質的重要方法,特別是John Jacob Abel對胰島素的結晶,以及James B. Sumner對酶作為晶體蛋白質的確認。1930年代末,蛋白質晶體開始用X射線分析,開啟了結構生物學的新篇章。隨著遺傳學和分子生物學的發(fā)展,特別是DNA技術的應用,蛋白質晶體的研究在1980年代后得到了極大的加速和變革。
二 蛋白結晶:藝術與科學的結合
盡管現(xiàn)代分子生物學和晶體學的進步為許多實驗提供了便捷,但蛋白質結晶仍然是一個既簡單又復雜的挑戰(zhàn)。這一過程結合了科學的方法與藝術般的直覺和創(chuàng)造力,然而又高度依賴經驗的積累。
由于生物大分子(如蛋白質)由大量不同原子以復雜方式組合,結晶過程中存在諸多變量和影響因素。這些因素包括蛋白質純度、濃度、pH值、離子強度等,每一個變量都可能對結晶結果產生顯著影響(表1和2)。
表1. 影響蛋白質晶體生長的化學變量 | |||
樣品的純度 | 基因修飾 | ||
樣品的構象靈活性 | 分子的對稱性 | ||
樣品的均一性 | 樣品的穩(wěn)定性和變性程度 | ||
PH值和緩沖液 | 等電點 | ||
沉淀劑的類型和濃度 | 存在his標簽和其他純化標簽與否 | ||
樣品的濃度 | 熱穩(wěn)定性 | ||
添加劑、輔助因子、配體、抑制劑、效應劑和輔料 | PH穩(wěn)定性 | ||
混沌劑,如尿素、鹽酸胍、硫酸銨等 | 樣本的獲取、處理、保存等歷史過程 | ||
洗滌劑 | 蛋白水解 | ||
金屬離子 | 微生物污染 | ||
離子強度 | 樣品保存 | ||
還原劑或氧化劑 | 樣品處理及相關的清潔度 | ||
樣品是來源 | 陰、陽離子類型及濃度 | ||
無定形顆粒物質 | 相對過飽和度 | ||
翻譯后修飾 | 其他試劑的初始濃度和最終濃度 | ||
化學修飾 | 平衡的路徑和速率 | ||
表2.可能或確實影響蛋白質晶體生長的物理變量 | |||
溫度 | 電磁場 | ||
平衡速率 | 結晶裝置的表面 | ||
結晶方法 | 試劑的粘度 | ||
重力、對流和沉降 | 異質和外延成核劑 | ||
振動和聲音 | 結晶裝置的幾何形狀 | ||
樣品和試劑的體積 | 時間 | ||
壓力 | 試劑的介電性能 | ||
結晶實驗通常從篩選開始,旨在找到能產生晶體的關鍵變量組合。然而,為了獲得具有特定特性的晶體(如用于結構生物學、純化或生物治療研究),往往需要進一步的優(yōu)化實驗(表3和表4)。
表3.結晶方法-過飽和度的實現(xiàn) | ||
氣相擴散法(Sitting, Hanging, Sandwich) | 序列提取(數(shù)據(jù)處理和分析技術) | |
分批結晶法(微分批結晶) | pH誘導(簡單、可控) | |
透析技術 (微透析技術發(fā)揮輔助作用) | 溫度誘導(操作簡便、成本較低,需與其他方法結合使用) | |
自由界面擴散(逆擴散, 液橋) | 效應物添加(也加Silver Bullet) | |
控制蒸發(fā) | ||
表4.蛋白質結晶所用試劑 | ||
鹽類 (硫酸銨、甲酸鈉、磷酸銨等) | 非揮發(fā)性有機物((±)-2-甲基-2,4-戊二醇、1,6-己二醇、甘油等) | |
聚合物 (聚乙二醇、分子量范圍在200到20,000之間、乙烯亞胺、杰凡尼®等) | 緩沖液 (HEPES、Tris、醋酸鈉、MES等) | |
揮發(fā)性有機物 (2-丙醇、1,4-二氧六環(huán)、乙醇等) | 添加劑 (氯化鈣、氯化鈉、三(2-羧乙基)膦、n-辛基-β-D-葡糖苷等) | |
盡管現(xiàn)代技術提供了豐富的資源和工具,但結晶并非僅僅是使用這些工具那么簡單。成功的結晶策略需要基于一些基本原則,正如Alex McPherson等結晶領域的先驅所提出的,在進行實驗之前,考慮這些原則將為您的結晶工作提供堅實的基礎。
三 蛋白結晶的關鍵要素
樣本:樣本的純度是結晶成功的基石,需細致處理以保證樣本高均一性。
均一性:蛋白質樣品的化學結構和分子量的一致性對形成有序晶體至關重要。
溶解度:優(yōu)化樣本在緩沖液中的溶解條件,追求單分散性,避免聚集和沉淀。
穩(wěn)定性:確保蛋白質在結晶過程中保持結構和功能穩(wěn)定,避免變性。
超飽和:通過控制超飽和度,誘導蛋白質分子有序排列形成晶核。
締合:調控蛋白質分子間的有序相互作用,促進有序聚集,避免非特異性聚集。
成核:控制溶液中蛋白質初始結晶核的形成,以優(yōu)化晶體數(shù)量、大小和質量。
多樣性:嘗試多種方法和條件來發(fā)現(xiàn)適合特定蛋白質的結晶條件。
控制:精確調控實驗條件和過程,確保實驗結果的準確性和可重復性。
雜質:保持樣品純度,減少雜質對結晶和后續(xù)研究的干擾。
保存:妥善保護結晶出的蛋白質晶體,防止其受到損害,確保后續(xù)研究的可靠性。
美國Hampton Research公司是一家專注于蛋白質晶體研究的生產商,其廣泛的產品組合涵蓋了從結晶初步篩選到結晶優(yōu)化篩選,再到定制單組分結晶試劑和結晶生長優(yōu)化試劑等產品。這些產品能夠滿足不同蛋白結晶研究的需求,包括普通蛋白、膜蛋白以及蛋白復合體的結晶。
Hampton Research以生物大分子結晶技術和實用豐富的產品線,為全球晶體研究人員提供了全面的晶體研究試劑和實驗耗材。這些產品不僅極大地提升了科研人員的工作效率,而且?guī)椭麄內〉昧说谋姸嗫蒲谐晒?,Hampton Research已成為晶體研究領域備受信賴的品牌之一。
西美杰Hampton Research蛋白結晶熱銷產品
Hampton Research蛋白結晶篩選試劑盒
品牌 | 貨號 | 品名 | 規(guī)格 | 簡介 |
Hampton | HR2-144 | Index | 10 ml, tube format | 蛋白質、絡合物、多肽、核酸和水溶性小分子等多種試劑體系的經典結晶條件初篩選試劑盒,包含96個條件 |
Hampton | HR2-110 | Crystal Screen | 蛋白、可溶性多肽、核酸和水溶性小分子等多種試劑體系結晶條件初篩試劑盒,包含50個條件 | |
Hampton | HR2-112 | Crystal Screen 2 | 10 ml, tube format | 蛋白、可溶性多肽、核酸和水溶性小分子等多種試劑體系結晶條件初篩試劑盒,包含48個條件 |
HR2-114 | MembFac | 10 ml, tube format | 適用于膜蛋白的結晶條件初篩試劑盒,包含48個條件 | |
Hampton | HR2-116 | Natrix | 10 ml, tube format | |
Hampton | HR2-117 | Natrix 2 | 10 ml, tube format | 核酸、核酸/蛋白質復合物結晶條件初篩試劑盒,包含48個條件 |
Hampton | HR2-082 | PEGRx 1 | 10 ml, tube format | 聚合物和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 |
Hampton | HR2-084 | PEGRx 2 | 10 ml, tube format | 聚合物和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 |
Hampton | HR2-126 | PEG/Ion Screen | 10 ml, tube format | 聚合物、鹽和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 |
HR2-098 | PEG/Ion 2 Screen | 10 ml, tube format | 聚合物、鹽和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 | |
Hampton | SaltRx 1 | 10 ml, tube format | 鹽和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 | |
Hampton | HR2-109 | SaltRx 2 | 10 ml, tube format | 鹽和pH條件初篩與二次篩選試劑盒,包含48個條件 |
除上述產品外,西美杰還提供包括GRAS Screen™、Grid Screen系列、Low Ionic Strength Screen、XP Screen、JBScreen Wizard等等在內的多種結晶條件篩選試劑盒。
Hampton Research蛋白結晶優(yōu)化試劑盒
品牌 | 貨號 | 品名 | 規(guī)格 | 簡介 |
Hampton | HR2-072 | Solubility & Stability Screen | 0.5 ml, Deep Well block format | 溶解度和穩(wěn)定性篩選,包含96個條件 |
HR2-413 | Solubility & Stability Screen 2 | 0.5 ml, Deep Well block format | 溶解度和穩(wěn)定性篩選,包含96個條件 | |
Hampton | HR2-070 | Slice pH | 0.5 ml, Deep Well block format | pH篩選試劑盒,包含96個條件 |
Hampton | HR2-138 | Additive Screen | 1 ml, Deep Well block format | |
Hampton | HR2-459 | GRAS Additive | 1 ml, Deep Well block format | GRAS添加劑篩選,包含96個條件 |
Hampton | HR2-096 | Silver Bullets | 0.50 ml, Deep Well block format | 添加劑篩選試劑盒,包含96個條件 |
Hampton | HR2-407 | Detergent Screen | 0.25 ml, Deep Well block format | 洗滌劑篩選試劑盒,包含96個條件 |
Hampton | HR2-214 | Ionic Liquid Screen | 0.5 ml, tube format | 離子液體篩選試劑盒,包含24個條件 |
Hampton | HR2-241 | StockOptions pH | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含45個條件 |
Hampton | HR2-235 | StockOptions Sodium Citrate | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含24個條件 |
Hampton | HR2-239 | StockOptions Sodium Cacodylate | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含24個條件 |
Hampton | HR2-243 | StockOptions MES | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含20個條件 |
Hampton | HR2-103 | StockOptions Bis-Tris Propane | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含33個條件 |
Hampton | HR2-102 | StockOptions HEPES | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含15個條件 |
Hampton | HR2-227 | StockOptions Polymer | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含23個條件 |
Hampton | HR2-245 | StockOptions Salt | 10 ml, tube format | 晶體生長篩選試劑盒,包含49個條件 |
HR2-073 | CryoPro | 1 ml, tube format | 晶體冷凍保護劑篩選,包含48個條件 | |
Hampton | HR2-501 | 50% v/v Jeffamine® M-600® pH 7.0 | 200 ml | 結晶級Jeffamine M-600用于結晶條件優(yōu)化 |
Hampton | HR2-525 | 50% w/v Polyethylene glycol 1,500 | 200 mL | 結晶級PEG 1500用于結晶條件優(yōu)化 |
Hampton | HR2-527 | 50% w/v Polyethylene glycol 3,350 Monodisperse | 200 mL | 結晶級PEG 3350用于結晶條件優(yōu)化 |
Hampton | HR2-529 | 50% w/v Polyethylene glycol 4,000 | 200 mL | 結晶級PEG 4000用于結晶條件優(yōu)化 |
以上試劑盒中的單組分條件可單獨訂購。除上述試劑盒外,西美杰還提供包括Proti-Ace™、Silica Hydrogel Kit、Heavy Atom Screens、I3C Phasing Kit等多款結晶優(yōu)化篩選試劑盒及試劑。
Hampton Research蛋白結晶耗材工具
品牌 | 貨號 | 品名 | 規(guī)格 | 簡介 |
HR2-320 | Seed Bead Kit | 24 tubes with PTFE Seed Bead | 晶種制備珠 | |
Hampton | HR3-105 | MASTERBLOCK® 96 Deep Well polypropylene plate | 50 plate case | 96孔深孔板 |
Hampton | HR3-081 | 72 Well Microbatch Plate, Greiner 654102 | untreated, hydrophobic - 270 plate case | 72孔油下結晶板 |
Hampton | HR3-125 | Swissci 3 Well Midi Crystallization Plate in UVP (40) | 40 plate case | 3微孔/96孔坐滴板 |
Hampton | HR3-158 | Cryschem Plate | 24 plate case | 24孔坐滴板 |
Hampton | HR3-231 | 22 mm x 0.22 mm Siliconized circle cover slides | 1.0 ounce pack (~120 slides) | 圓形硅化玻璃蓋玻片 |
Hampton | HR3-233 | 22 mm x 0.22 mm Siliconized circle cover slides | 10.0 ounce case (~1,200 slides) | 圓形硅化玻璃蓋玻片 |
Hampton | HR3-609 | Crystal Clear Sealing Film | 100 pack | 結晶板封口膜 |
Hampton | HR4-216 | Crystal Crusher | 5 pack | 晶體粉碎器 |
Hampton | HR4-217 | Crystal Probe | 12 pack | 一次性不銹鋼晶體針 |
Hampton | HR4-733 | CrystalCap | with Vial - 60 pack | 晶體環(huán)底座 |
Hampton | HR4-811 | Micro-Tools Set | each | 晶體處理工具套裝,含8個不同形狀的晶體探針 |
除上述產品外,西美杰還提供各種規(guī)格結晶板、loop、微橋、密封膠,Pucks等工具耗材及整套工具箱,幫助研究人員更快更高效的開展實驗。
西美杰作為Hampton Research在中國的授權代理,致力于為用戶提供周到的技術支持和售后服務。西美杰始終秉持“We promise what we can do. We do what we have promised”的核心理念,為用戶提供優(yōu)質的服務。
References and Readings
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