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技術(shù)文章

VectorBuilder在線(xiàn)矢量設(shè)計(jì)說(shuō)明

閱讀:508          發(fā)布時(shí)間:2024-4-7

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VectorBuilder在線(xiàn)矢量設(shè)計(jì)

VectorBuilder提供了一個(gè)高度創(chuàng)新的基于web的平臺(tái),將復(fù)雜而直觀(guān)的矢量設(shè)計(jì)與簡(jiǎn)化的在線(xiàn)訂購(gòu)相結(jié)合。我們的免費(fèi)平臺(tái)具有無(wú)限訪(fǎng)問(wèn)權(quán)限,您只需點(diǎn)擊幾下鼠標(biāo)即可設(shè)計(jì)各種自定義矢量。您可以通過(guò)從我們的數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇或粘貼自己的序列,輕松定制載體成分,包括啟動(dòng)子、ORF和標(biāo)記。然后,您可以編輯您的序列,添加標(biāo)簽,執(zhí)行密碼子優(yōu)化,等等!除了設(shè)計(jì)您的載體,您還可以從我們的平臺(tái)訂購(gòu)您設(shè)計(jì)的載體的定制克隆以及相關(guān)服務(wù),如病毒包裝和質(zhì)粒DNA制備。

如何使用矢量設(shè)計(jì)工作室

集錦

多種載體主鏈的收集,包括常規(guī)質(zhì)粒、慢病毒、AAV、腺病毒、MMLV、piggyBac

廣泛的載體成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù),包括啟動(dòng)子、ORF、標(biāo)記物、表位標(biāo)簽、shRNA

詳細(xì)矢量圖

服務(wù)指南

Vectorbuilder用戶(hù)友好的在線(xiàn)矢量設(shè)計(jì)平臺(tái)設(shè)計(jì)自定義矢量非常簡(jiǎn)單、快速,并提供了一系列可定制的選項(xiàng):

可用矢量系統(tǒng)查看更多

矢量設(shè)計(jì)工作室

一旦為實(shí)驗(yàn)選擇了合適的矢量系統(tǒng),就可以進(jìn)入矢量設(shè)計(jì)工作室,使用各種自定義選項(xiàng)設(shè)計(jì)矢量:

1) 添加載體成分(如啟動(dòng)子、ORF、標(biāo)記物、連接子等)

添加載體成分有三種方法:從我們流行的載體成分集合中選擇,按感興趣基因(GOI)搜索,或直接粘貼序列。通過(guò)GOI進(jìn)行搜索時(shí),您可以無(wú)限制地訪(fǎng)問(wèn)我們的ORF、shRNAgRNA數(shù)據(jù)庫(kù),使您能夠快速選擇所需序列并將其插入到載體中。

2) 作為多順?lè)醋颖磉_(dá)多個(gè)基因

設(shè)計(jì)工作室允許你在一個(gè)啟動(dòng)子后面放置多達(dá)4個(gè)ORF作為多順?lè)醋印6鄠€(gè)ORF可以表達(dá)為單個(gè)融合蛋白,或者表達(dá)為通過(guò)2AIRES連接體分離的不同蛋白。

3) 編輯ORF序列

ORF添加到載體后,可以打開(kāi)ORF編輯器添加表位標(biāo)簽或?qū)⑼蛔円胄蛄?。我們提供?shù)十種流行的蛋白質(zhì)標(biāo)簽,可以附加在ORFNC末端。其他方便的功能包括密碼子優(yōu)化、將核苷酸序列翻譯成氨基酸序列、尋找ORF和查看反向互補(bǔ)鏈。

矢量信息概述

完成矢量設(shè)計(jì)后,您將被重定向到矢量信息頁(yè)面。從這里您可以:

查看矢量的完整注釋地圖和序列

下載各種格式的矢量報(bào)告,包括PDF、GenBank、FASTASnapGene

查看矢量的價(jià)格和周轉(zhuǎn)時(shí)間或提交價(jià)格查詢(xún)

將矢量與病毒包裝等下游服務(wù)一起添加到您的購(gòu)物車(chē)中

將矢量設(shè)計(jì)保存到您的帳戶(hù)

與同事分享矢量設(shè)計(jì)

檢索矢量設(shè)計(jì)

唯的矢量ID會(huì)自動(dòng)定給在VectorBuilder上創(chuàng)建的任何矢量。您可以使用此ID在不登錄的情況下單擊設(shè)計(jì)矢量"下的檢索矢量信息"來(lái)檢索有關(guān)矢量的完整信息。

請(qǐng)求設(shè)計(jì)支持

如果您在我們的設(shè)計(jì)工作室中設(shè)計(jì)矢量時(shí)遇到問(wèn)題(例如,您需要使用我們數(shù)據(jù)庫(kù)中不可用的主干或有序列

技術(shù)信息

矢量的基本組成部分

啟動(dòng)子-啟動(dòng)子是所有表達(dá)載體的關(guān)鍵組成部分,因?yàn)樗?qū)動(dòng)下游GOI的轉(zhuǎn)錄。載體啟動(dòng)子的選擇取決于目標(biāo)基因表達(dá)的所需位置和水平。啟動(dòng)子可以是普遍存在的,在所有細(xì)胞類(lèi)型中驅(qū)動(dòng)基因表達(dá),也可以是組織特異性的,僅在特定細(xì)胞類(lèi)型中推動(dòng)基因表達(dá)。此外,啟動(dòng)子可以具有可變的強(qiáng)度(弱、中等或強(qiáng)),這取決于它們可以實(shí)現(xiàn)的靶基因表達(dá)水平。

ORF–ORF代表用戶(hù)GOI的開(kāi)放閱讀框架,最終轉(zhuǎn)化為功能蛋白。ORF對(duì)于表達(dá)載體是至關(guān)重要的,并且位于啟動(dòng)子的下游。當(dāng)需要同時(shí)表達(dá)多種蛋白質(zhì)時(shí),可以將與這些蛋白質(zhì)相對(duì)應(yīng)的ORF放置在由要表達(dá)的連接體分離的同一啟動(dòng)子下

polyA信號(hào)–polyA代表多腺苷酸化信號(hào)序列,負(fù)責(zé)上游ORF序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄物的轉(zhuǎn)錄終止和多腺苷酸化。將polyA信號(hào)整合到載體中導(dǎo)致信使核糖核酸的多腺苷酸化,這保護(hù)信使核糖核酸不被核酸酶和磷酸酶降解。此外,多聚腺苷酸化對(duì)于信使核糖核酸的核輸出到胞質(zhì)溶膠和核糖體翻譯蛋白質(zhì)至關(guān)重要。

選擇標(biāo)記物–選擇標(biāo)記物使實(shí)驗(yàn)者能夠成功識(shí)別已被載體正向轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導(dǎo)的細(xì)胞。兩種類(lèi)型的標(biāo)記物通常用于選擇正轉(zhuǎn)染/轉(zhuǎn)導(dǎo)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞——藥物選擇標(biāo)記物和熒光蛋白標(biāo)記物。藥物選擇標(biāo)記物的作用是在攜帶該標(biāo)記物的載體的細(xì)胞中賦予對(duì)相應(yīng)抗生素的耐藥性。另一方面,不攜帶載體的細(xì)胞對(duì)抗生素沒(méi)有耐藥性,因此在抗生素存在的情況下被殺死。熒光標(biāo)記使研究人員能夠通過(guò)熒光顯微鏡下的可視化或通過(guò)熒光激活的細(xì)胞分選(FACs)來(lái)選擇正轉(zhuǎn)染/轉(zhuǎn)導(dǎo)的細(xì)胞。

復(fù)制起源——復(fù)制起源對(duì)細(xì)菌宿主細(xì)胞內(nèi)質(zhì)粒載體的復(fù)制至關(guān)重要。復(fù)制起源的選擇通常取決于需要在宿主細(xì)胞內(nèi)維持的載體拷貝數(shù),這反過(guò)來(lái)又影響載體的穩(wěn)定性。雖然高拷貝數(shù)質(zhì)粒有助于從質(zhì)粒制劑中獲得更高的DNA產(chǎn)量,但低拷貝數(shù)質(zhì)粒是表達(dá)有毒或不溶性蛋白質(zhì)的選。此外,當(dāng)在同一細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)生長(zhǎng)多個(gè)質(zhì)粒時(shí),重要的是兩個(gè)質(zhì)粒不包含相同的復(fù)制來(lái)源,因?yàn)槟菢铀鼈儗⒉幌嗳?,并阻止質(zhì)粒復(fù)制。

抗生素抗性基因——抗生素抗性基因允許選擇攜帶載體的細(xì)菌細(xì)胞,從而促進(jìn)載體在細(xì)菌群體中的維持。不攜帶載體的細(xì)胞對(duì)抗生素沒(méi)有耐藥性,因此在抗生素存在的情況下被殺死。

其他分量——雖然上面列出的分量通常存在于大多數(shù)矢量類(lèi)型中,但根據(jù)其具體應(yīng)用,在某些矢量類(lèi)型中也可以找到各種其他矢量分量。例如,病毒載體如慢病毒和AAV載體的特征在于分別存在病毒序列如長(zhǎng)末端重復(fù)序列(LTRs)和反向末端重復(fù)序列,這對(duì)于GOI在靶細(xì)胞中的病毒依賴(lài)性表達(dá)是必需的。類(lèi)似地,在所有轉(zhuǎn)座子載體中發(fā)現(xiàn)的末端重復(fù)序列對(duì)于轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的GOI在相應(yīng)轉(zhuǎn)座酶存在的情況下轉(zhuǎn)移到靶細(xì)胞中是必不少的。

此外,還有各種矢量分量,它們可能對(duì)矢量的基本功能不是必不少的,但它們可以幫助增強(qiáng)矢量功能的通用性。例如,通常引入多克隆位點(diǎn)(MCS)區(qū)域以將多個(gè)限制性?xún)?nèi)切酶位點(diǎn)添加到載體中,這使研究人員能夠靈活地使用任何這些位點(diǎn)將其GOI克隆到載體中。諸如T2AIRES的連接物是這種載體組分的另一個(gè)例子,其可能不需要載體工作,然而,當(dāng)添加它們時(shí),它們?cè)试S從與多順?lè)醋颖磉_(dá)盒相同的載體表達(dá)多個(gè)ORF,從而增強(qiáng)其功能。

矢量系統(tǒng)的選擇

任何成功實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的關(guān)鍵因素之一是用于將GOI遞送到靶細(xì)胞中的載體系統(tǒng)的選擇。鑒于有各種病毒和非病毒載體可供選擇,在開(kāi)始設(shè)計(jì)載體之前,應(yīng)考慮幾個(gè)因素。一些關(guān)鍵的考慮因素包括:你的靶細(xì)胞轉(zhuǎn)染容易還是困難?你想要瞬時(shí)表達(dá)還是穩(wěn)定地整合到宿主基因組中?你需要使用定制的啟動(dòng)子來(lái)驅(qū)動(dòng)你感興趣的基因嗎?您的載體將用于細(xì)胞培養(yǎng)還是體內(nèi)?你需要條件或誘導(dǎo)型基因表達(dá)嗎?你的GOI有多大?

 

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