紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing)，是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后，回收其中的RN段，經(jīng)添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序，再經(jīng)生物信息學(xué)的分析和處理、總結(jié)，挖掘出其特定規(guī)律，從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義進而應(yīng)用于癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化檢測。

在動物體內(nèi)，成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物(RISC)，結(jié)合于靶mRNA的3"-UTR區(qū)，阻止所結(jié)合的mRNA 的翻譯或直接降解靶miRNA?；谶@一原理，我們可以通過CLIP seq技術(shù)來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP seq方法的應(yīng)用能夠非常明顯地降低miRNA結(jié)合位點的假陽性預(yù)測頻率并且減小miRNA結(jié)合位點搜尋空間的范圍。可以在全基因組范圍內(nèi)鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結(jié)合位點。

紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)
圖1 CLIP seq原理

技術(shù)特點

全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：與CLIP芯片相比，可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定

高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽，可發(fā)現(xiàn)研究轉(zhuǎn)錄組上稀有的蛋白結(jié)合位點

高率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準確區(qū)分真實事件與噪音，定位蛋白結(jié)合位點

假陽性低：相比于傳統(tǒng)預(yù)測miRNA靶標方法，能夠準確分析小RNA及靶基因

重復(fù)性好：深度測序保證了檢測隨機性，可不需技術(shù)重復(fù)