上新 | 5min甲基化超快速BS轉(zhuǎn)化試劑盒,新增磁珠法!
隨著分子檢測的不斷發(fā)展,甲基化qPCR檢測以及甲基化NGS檢測已成為非常普及的檢測技術(shù),這兩種技術(shù)的必經(jīng)之路就是甲基化轉(zhuǎn)化,甲基化轉(zhuǎn)化從方法學上可分為亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化和酶法轉(zhuǎn)化,近幾年,基于DNA甲基化位點的檢測試劑盒陸續(xù)獲批面世。NMPA批準的甲基化檢測試劑盒大部分為熒光PCR法,主要原因在于熒光PCR法操作簡便,無需在PCR后電泳,且具有靈敏度高、特異性強、重復性好等特點。這些甲基化檢測試劑采用的轉(zhuǎn)化方法為亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化法,亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化成為DNA甲基化檢測的“金標準”。但是傳統(tǒng)的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化有很多局限性,例如過長的轉(zhuǎn)化時間、嚴重的DNA損傷、被高估的5mC水平、C-U轉(zhuǎn)化不全等。
圖1.亞硫酸氫鹽催化C轉(zhuǎn)化為U的化學反應概要
2024年1月2日,芝加哥大學何川教授團隊在Nature Biotechnology上在線發(fā)表了題為Ultrafast bisulfite sequencing detection of 5?methylcytosine in DNA and RNA的研究論文,該研究提出并開發(fā)了對DNA和RNA上的5-甲基胞嘧啶修飾進行快速,準確檢測的測序方法,簡稱為UBS-seq。該技術(shù)比現(xiàn)有的轉(zhuǎn)化反應過程加速20-30倍,同時明顯的降低了DNA損傷,以及C-U轉(zhuǎn)化導致的背景干擾。
圖2.UBS-seq法在微量樣本中應用,傳統(tǒng)BS轉(zhuǎn)化相比有更低的背景噪音
翌圣生物的Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(柱式:12225ES)和Hieff® Mag Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(磁珠法:12227ES)便是基于此技術(shù)開發(fā)優(yōu)化而成,可以在98°C 5min條件下可完成>99.5%的胞嘧啶轉(zhuǎn)化,并且極大的降低了DNA損傷,更好的保證了DNA片段的完整性,約35 min可完成BS轉(zhuǎn)化全流程,轉(zhuǎn)化后的產(chǎn)物適用于PCR擴增和DNA測序等下游應用。
實驗流程
圖3.Superfast BS轉(zhuǎn)化實驗流程
投入不同量的293gDNA,293gDNA參入0.5% λ DNA,使用12227(磁珠法)與競品1轉(zhuǎn)化試劑盒進行頭對頭對比,同時采用雙鏈甲基化DNA建庫(12214ES),如圖4所示:12227(磁珠法)對不同投入量的DNA中 λ DNA C的轉(zhuǎn)化率≥99.5%,轉(zhuǎn)化時間適當延長,能進一步提高轉(zhuǎn)化效率。
圖4.12227和競品的轉(zhuǎn)化率
10 ng cf DNA和50 ng FFPE DNA,cf DNA和FFPE DNA都參入0.5% λ DNA,使用12227(磁珠法)與競品1轉(zhuǎn)化試劑盒進行頭對頭對比,同時采用雙鏈甲基化DNA建庫(12214ES),如圖5所示:12227(磁珠法)對不同樣本中 λ DNA C的轉(zhuǎn)化率≥99.5%,轉(zhuǎn)化時間適當延長,能進一步提高轉(zhuǎn)化效率。
投入不同量的293 DNA,使用12225和12227與競品1轉(zhuǎn)化試劑盒進行頭對頭對比,轉(zhuǎn)化后采用Qubit ssDNA定量,計算回收率,如圖6所示:12225的樣本回收率能穩(wěn)定達到60%以上,并且當樣本量大于200 ng,回收率能超過70%,磁珠法轉(zhuǎn)化試劑在高投入量下,回收率略低于柱式法,1 μg以內(nèi),磁珠法的回收率能達到60%。
備注:競品1為磁珠法
在微流控的自動化單細胞DNA甲基化平臺上,進行單細胞甲基化轉(zhuǎn)化實驗,樣本中單細胞DNA轉(zhuǎn)化率在99%左右。
產(chǎn)品推薦
產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號 |
Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit超快速DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化試劑盒(柱式) | 12225ES |
Hieff® Mag Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit超快速DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化試劑盒(磁珠法) | 12227ES |
翌圣DNA甲基化解決方案
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