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【課堂】 電鏡技術(shù) — 讓病毒無所遁形

來源:北京悅昌行科技有限公司   2020年03月16日 14:11  

2020年,似乎來得更艱難一點。從去年12月份開始,新冠肺炎疫情(COVID-19)就像龍卷風(fēng)一樣席卷中國乃至*,當(dāng)前已在100多個國家地區(qū)蔓延,病例數(shù)超10萬。新冠肺炎疫情構(gòu)成大流行的威脅“已經(jīng)變得非常真實”。

 

疫情防治防控關(guān)鍵階段,總理為什么特意去電鏡室?

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2020年2月9日,總理赴中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所考察,通過透射電鏡觀察新冠病毒

 

疫情之下,奔跑在一線的有我們的白衣天使,也有爭分奪秒的科研人員。而在整個疫情的防控防治過程中,電鏡技術(shù),讓病毒無所遁形。

 

負(fù)染色技術(shù)—鑒定病毒形態(tài)

 

為什么是冠狀病毒?

電鏡給了一個很重要的指標(biāo):病毒形態(tài)。

1月6日,中國疾控中心通過對臨床患者分離毒株樣品進(jìn)行電鏡負(fù)染色,發(fā)現(xiàn)了病毒的存在,且形狀與冠狀病毒相似,直徑80-120nm,表面有皇冠一樣的突起,這就給我們一個很重要的方向指示。隨后,根據(jù)核酸序列比對以及其他鑒定方法,宣布新型冠狀病毒肺炎疫情爆發(fā)。

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負(fù)染色技術(shù)可以鑒別病毒形態(tài)、純度和濃度。

負(fù)染技術(shù)流程簡單,檢測速度快。一般幾分鐘就可以完成。

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載網(wǎng)要求:

1、 載網(wǎng)親水:商業(yè)化載網(wǎng)表面有油脂,懸液樣品鋪不開

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2、 碳膜載網(wǎng):促進(jìn)樣品顆粒均勻分布

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徠卡高真空鍍膜儀,一機兩用:鍍膜+輝光放電

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EM ACE系列鍍膜儀

 

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Leica EM ACE200

 

負(fù)染技術(shù)—徠卡解決方案

 

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冷凍電鏡技術(shù)—指導(dǎo)藥物和疫苗設(shè)計

新冠病毒表面的S蛋白,是侵染宿主的關(guān)鍵蛋白,與SARS病毒S蛋白一樣,都將宿主細(xì)胞表面的“血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(ACE2)”作為侵入細(xì)胞的關(guān)鍵受體。了解S蛋白的結(jié)構(gòu),弄清楚S蛋白與ACE2的作用方式,是藥物開發(fā)和疫苗設(shè)計的重點。

 

2月15日,德克薩斯大學(xué)*分校McLellan團(tuán)隊獲得了新冠病毒S蛋白三維結(jié)構(gòu),分辨率達(dá)3.5埃,確定了該S蛋白是由S1和S2組成的三聚體。RBD是受體結(jié)合區(qū)域,存在多種構(gòu)象狀態(tài)。與SARS病毒S蛋白比較,兩者是不同的,但整體上仍具有較高的相似度。

隨后,作者又分別分析了兩個病毒S蛋白與ACE2的親和力,新冠病毒S蛋白與ACE2的KD(平衡解離常數(shù))是14.7nM,SARS病毒S蛋白與ACE2的KD是324.8nM,KD越高,親和力越低,暗示著新冠病毒的傳染性要高于SARS病毒。

3月1日,華盛頓大學(xué)David Veesler團(tuán)隊根據(jù)S蛋白存在多種構(gòu)象,重構(gòu)了3.0埃的close構(gòu)象,以及3.3埃的打開單個SB區(qū)的三聚體。

結(jié)果表明,新冠病毒S胞外區(qū)表現(xiàn)為一個16nm長的三聚體,三角形截面,與SARS病毒S蛋白非常相似。很多序列是保守的,設(shè)計針對這一結(jié)構(gòu)功能的抗體,可能會交叉反應(yīng)中和這兩種病毒以及其他相似的冠狀病毒。

同時還發(fā)現(xiàn)S1和S2邊界處存在四個氨基酸殘基插入,從而引入了新的蛋白酶切位點。這就可能會增強病毒的可傳播性,更加科學(xué)地解釋了新冠病毒傳染力強的問題。

 

2月19日,西湖大學(xué)周強教授團(tuán)隊獲得了ACE2的全長三維結(jié)構(gòu),同時解析了S蛋白RBD和ACE2的復(fù)合物三維結(jié)構(gòu),看清楚了它們的相互作用方式,這一步正式揭開了新冠病毒入侵人體細(xì)胞的神秘面紗。

“S蛋白像一座橋橫跨在ACE2表面,又像病毒的一只手,緊緊抓住ACE2,打開細(xì)胞大門”。

了解了鎖的結(jié)構(gòu),接下來,就可以有針對性地設(shè)計鑰匙,設(shè)計藥物和指導(dǎo)疫苗的研發(fā)。

技術(shù)流程與負(fù)染類似,但是樣品終要經(jīng)過投入冷凍,在低溫電鏡下進(jìn)行觀察。

徠卡的EM GP2,就是一款專業(yè)的投入冷凍儀,通過對樣品的單邊或雙邊的平行吸附,實現(xiàn)樣品的快速均勻冷凍。包括生物樣品,工業(yè)溶劑、懸濁液、乳濁液、膠體樣品等。

 

冷凍電鏡技術(shù)—徠卡解決方案

 

 

結(jié)果展示:


樣品:蛋白

觀察方式:cryo TEM

樣品:病毒

觀察方式:cryo TEM

樣品:纖維

觀察方式:cryo TEM

樣品:細(xì)菌

觀察方式:cryo TEM

 

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