波多野结衣中文无码,一区二区三区中文字幕人妻,日本福利一区二区三区四区,久久er99精品国产一区

您好, 歡迎來到化工儀器網(wǎng)

| 注冊(cè)| 產(chǎn)品展廳| 收藏該商鋪

17321152016

technology

首頁   >>   技術(shù)文章   >>   詳解牛津納米孔測(cè)序儀

上海喆圖科學(xué)儀器有限公司

立即詢價(jià)

您提交后,專屬客服將第一時(shí)間為您服務(wù)

詳解牛津納米孔測(cè)序儀

閱讀:3756      發(fā)布時(shí)間:2014-10-23
分享:

牛津納米孔測(cè)序儀在美國(guó)人類遺傳學(xué)學(xué)會(huì)年會(huì)上公布技術(shù)參數(shù)

  2014年的ASHG年會(huì)于10月18日開始在圣地亞哥舉行,有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現(xiàn)場(chǎng)演示,技術(shù)之創(chuàng)新,令人震驚!21日下午,牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個(gè)小型的封閉式的技術(shù)說明會(huì),講解了納米孔的測(cè)試結(jié)果。

  尺寸

  MinION的尺寸之小,大大出乎我的意料,竟然只有一支筆的長(zhǎng)度,重大約100克,太神奇了。要知道,無論是Illumina,Pacbio,還是IonProton都是100斤以上大家伙。MinION*顛覆了測(cè)序儀的形象,從*眼看到MinION,我就覺得納米孔技術(shù)稱之為第四代基因測(cè)序儀,絲毫不為過。MinION直接通過USB鏈接到筆記本上,原始的電流信號(hào)通過網(wǎng)絡(luò)傳到英國(guó)的服務(wù)器上,進(jìn)行Basecalling。

  測(cè)序長(zhǎng)度

  納米孔測(cè)序沒有測(cè)序長(zhǎng)度的說法,因?yàn)樗?顛覆了測(cè)序讀長(zhǎng)的定義。事實(shí)上,它總是能夠完整的把一條DNA鏈從頭測(cè)到尾,因此它的測(cè)序讀長(zhǎng)就是DNA的長(zhǎng)度。的情況是,一整條染色體都可以從頭測(cè)完,但是一般來說樣本制備時(shí)DNA會(huì)斷開。根據(jù)UCSC報(bào)道的用戶使用的結(jié)果表面,一般讀出的reads平均為1kb-5kb,這個(gè)讀長(zhǎng)*是因?yàn)闃颖敬驍嗟搅诉@個(gè)尺寸。我看到zui長(zhǎng)的reads竟然長(zhǎng)達(dá)120kb,太神奇了!

  測(cè)序速度

  一個(gè)MinION有500個(gè)納米孔在并行測(cè)序,每個(gè)孔每秒測(cè)30bp,因此,要測(cè)到1G的數(shù)據(jù),需要3天時(shí)間。

  測(cè)序錯(cuò)誤率

  納米孔測(cè)序錯(cuò)誤率非常高,高到現(xiàn)有的sequencealignment軟件都無法應(yīng)對(duì)。UCSC的生物信息學(xué)專家測(cè)試了BWA,Bowtie等等,每一種都不太適合。而測(cè)序錯(cuò)誤率也因軟件不同而相差巨大,如果一定要給個(gè)數(shù)字的話,大約為30%的錯(cuò)誤率。納米孔技術(shù)無法像pacbio一樣做環(huán)形測(cè)序,納米孔公司的人也承認(rèn)沒有找到大幅度降低錯(cuò)誤率的辦法。

  樣本制備

  樣本的制備有點(diǎn)讓人失望。原本吹噓說是只要DNA提取出來就可以直接上機(jī)測(cè)序的,而事實(shí)上需要四步,zui短要90分鐘。分別為打斷,末端修復(fù),ATailing和加接頭。這樣做的主要目的是降低DNA穿過納米孔的速度。

  應(yīng)用

  納米孔測(cè)序zui大zui有優(yōu)勢(shì)的應(yīng)用是什么?納米孔的CEO似乎也沒有想清楚。

  首先,英國(guó)一所大學(xué)介紹了使用MinION的快速測(cè)序,能夠在二十分鐘內(nèi)檢測(cè)出沙門氏菌。在傳染病快速檢測(cè)方面有明顯優(yōu)勢(shì)。

  其次:在人基因組復(fù)雜的區(qū)間,比如HLA,納米孔的超長(zhǎng)讀長(zhǎng)有很好的應(yīng)用。

  第三:納米孔的長(zhǎng)片段測(cè)序和Illumina短序列測(cè)序相結(jié)合,方便基因組組裝。

  但是,納米孔測(cè)序不適合做無創(chuàng)產(chǎn)前診斷,腫瘤基因突變,也不適合做新生兒遺傳性疾病篩查。

  什么時(shí)候開始銷售

  目前尚無任何消息關(guān)于納米孔技術(shù)何時(shí)進(jìn)入市場(chǎng),因?yàn)榧{米孔公司自己承認(rèn)技術(shù)還不成熟,生物信息學(xué)工具缺乏,不具備進(jìn)入市場(chǎng)的條件。納米孔公司的策略是,先給少數(shù)專業(yè)的實(shí)驗(yàn)室測(cè)試,鼓勵(lì)測(cè)試用戶開發(fā)基于基于納米孔的測(cè)序應(yīng)用,開發(fā)適合納米孔的生物信息學(xué)工具,這一過程也許需要2-3年,等這些條件具備之后再開始市場(chǎng)銷售。

  我在現(xiàn)場(chǎng)提交了資料,登記成為早期測(cè)試用戶,希望年底能拿到一個(gè)MinION回來試試看;今天下午思考了一個(gè)小時(shí),拿到MinION之后,用來測(cè)什么樣本呢?如果各位讀者有什么好的建議,歡迎給我來信。

  總結(jié)起來,納米孔技術(shù)產(chǎn)品的出現(xiàn)意味著第四代測(cè)序技術(shù)的誕生。但納米孔測(cè)序真正給基因組學(xué)研究和臨床應(yīng)用帶來重要的變化,還有非常長(zhǎng)的路要走。也許10年之后,我們能看到一個(gè)成熟的,快速,準(zhǔn)確的第四代測(cè)序。

作者:賀建奎

 

會(huì)員登錄

請(qǐng)輸入賬號(hào)

請(qǐng)輸入密碼

=

請(qǐng)輸驗(yàn)證碼

收藏該商鋪

標(biāo)簽:
保存成功

(空格分隔,最多3個(gè),單個(gè)標(biāo)簽最多10個(gè)字符)

常用:

提示

您的留言已提交成功!我們將在第一時(shí)間回復(fù)您~
在線留言
苍井空一区二区三区在线观看| 成人H动漫精品一区二区| 欧美高清性做爰销魂在线| 亚洲线日本一区二区三区| 国产精品18禁久久久久久久久| 亚洲欧美日韩国产最新版| 91香蕉下载并安装| 国产精品亚洲一区二区三区欲| 一区二区不卡99精品日韩| 国产一区二区三区网址| 久久精品成人免费国产| 久久精品成人免费国产| 国产微拍无码精品一区| 国产一区二区三区网址| 国产白丝一区二区三区| 9色国产精品一区粉嫩| 国产线精品视频在线观看| 欧美中文亚洲国产日韩| 欧美日韩国产精品视频一区| 亚洲精品在线观看日韩电影| 色狠狠av一区二区三区香蕉| 中文字幕一区二区三区免费看| 国产一级r片内射老熟女| 亚洲高清日韩中文字幕| 国产精品一区二区30p| 日韩精品一区二区三区在线| 日本精品福利在线视频| 久久久久久久久久久久久久久久久久久| 日韩欧美中文字幕一区二区| 911国产精品视频| 欧美日韩国产精品视频一区| 国产v片在线免费观看| 国产r级亚洲r级在线观看| 国产精品日韩在线亚洲一区| 一区二区三区久久九九| 亚洲精品国自产在线| 国产三级视频在线观看网站| 欧美加勒比一区二区三区| 欧美黑粗大长在线不卡| 那个网站可以看理论片| 国产人成尤物在线免费观看|