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滬鼎選擇多肽免疫原的絕招
閱讀：1511 發(fā)布時(shí)間：2014-8-29【滬鼎選擇多肽免疫原的絕招】
1. 從天然蛋白質(zhì)的可及區(qū)中選擇肽免疫原。這些區(qū)域通常暴露在與水相環(huán)境接觸的蛋白質(zhì)表面上。利用計(jì)算機(jī)程序?yàn)榈鞍踪|(zhì)中的各個(gè)氨基酸分配“親水性指數(shù)”，然后繪圖。這樣便可觀察到親水區(qū)域。
2. 大多數(shù)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)內(nèi)都含有親水性分析程序，包括：ProtScale、PlotStructure、PepPlot。
3. 確保正確的物種和蛋白質(zhì)序列已經(jīng)過(guò)鑒定。
4. 使用OMIM和LocusLink來(lái)建立結(jié)構(gòu)域。其他蛋白質(zhì)中存在的結(jié)構(gòu)域，應(yīng)當(dāng)避免在免疫原的序列中出現(xiàn)，因?yàn)樗鼈儠?huì)增加交叉反應(yīng)的可能性。另外，抗體可能無(wú)法結(jié)合某些蛋白質(zhì)區(qū)域，即球狀蛋白質(zhì)中心或跨膜區(qū)。
5. 避免存在多個(gè)谷氨酰胺殘基，因?yàn)檫@會(huì)造成多肽間發(fā)生氫鍵結(jié)合。
6. 嘗試加入脯氨酸和酪氨酸殘基。這些殘基能夠使免疫原形成天然蛋白質(zhì)中可能存在的某些結(jié)構(gòu)基元。
7. 避免已知區(qū)域被翻譯后修飾，因?yàn)榭赡軙?huì)掩蓋抗體識(shí)別位點(diǎn)。
8. 將末端半胱氨酸殘基加入到肽序列中，則可以利用Sulfo-SMCC交聯(lián)劑將肽偶聯(lián)到載體蛋白。
9. 如果合成的抗體需要親和純化，則還可利用末端半胱氨酸殘基將此肽鏈直接固定到SulfoLink親和基質(zhì)上。
10. 避免存在復(fù)雜區(qū)域。
11. 避免存在多個(gè)谷氨酰胺殘基，因?yàn)檫@會(huì)造成多肽間發(fā)生氫鍵結(jié)合。
在選擇的過(guò)程中，上海恒遠(yuǎn)生物提出了一些需要注意的地方：如果此肽鏈來(lái)源于蛋白質(zhì)的N端，則應(yīng)當(dāng)將半胱氨酸加入到肽鏈的C端，反之亦然。如果此肽鏈來(lái)源于內(nèi)部蛋白質(zhì)序列，則可隨意分配半胱氨酸。