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觸手可得的無核酸酶水
核酸酶通過減切核酸骨架中的磷酸二酯鍵來降解DNA和RNA。 雖然有些核酸酶是有用的研究工具,但是通??茖W(xué)家需要完整的生物樣品信息用于PCR,克隆,測(cè)序或基因編輯等應(yīng)用。因此,研究核酸的科學(xué)家需要不含核酸酶的試劑和容器。水作為緩沖液和試劑的主要成分,也應(yīng)該不含有核酸酶。
可是,核酸酶在實(shí)驗(yàn)室中普遍存在,它們普遍存在于塑料制品和試劑中,甚至可能來自科學(xué)家自己(皮膚,唾液等),它們非常穩(wěn)定,難以滅活。因此,經(jīng)常使用DEPC處理來消除它們。
DEPC(焦碳酸二乙酯)是一種有效的非特異性核糖核酸酶抑制劑,用于核糖核酸酶滅活,且已使用了多年。用DEPC對(duì)溶液進(jìn)行化學(xué)處理是一種非常有效的方法,但它存在幾個(gè)缺點(diǎn):
安全問題。 DEPC是一種疑似致癌物質(zhì),因?yàn)樗赡芘c嘌呤發(fā)生反應(yīng),因此需要謹(jǐn)慎使用。此外,如果瓶子在室溫中暴露于濕潤(rùn)的空氣中,DEPC可能會(huì)水解,將會(huì)產(chǎn)生二氧化碳,這會(huì)增加潛在的危險(xiǎn)。
時(shí)間和能源消耗。 DEPC和核酸酶之間的化學(xué)反應(yīng)需要一定的時(shí)間,為了破壞DEPC,需要對(duì)溶液高壓滅菌。 而高壓滅菌需要消耗大量的水和電。
圖1 DEPC的水解引入雜質(zhì)
引入可能影響實(shí)驗(yàn)的雜質(zhì)。 當(dāng)DEPC在高壓滅菌時(shí)會(huì)水解產(chǎn)生乙醇和二氧化碳(圖1)。 乙醇可能與后續(xù)的實(shí)驗(yàn)步驟中的雜質(zhì)反應(yīng),有可能產(chǎn)生不需要的副產(chǎn)物。 此外,DEPC對(duì)腺苷有很強(qiáng)的親和力,即使只有痕量的DEPC保留在溶液中,它們也可能與腺苷核苷酸發(fā)生反應(yīng)(印跡,PCR反應(yīng)等)而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果不準(zhǔn)確,痕量DEPC也可能與胺基和硫醇反應(yīng)。
核酸酶并非從水中直接除去,而是通過與DEPC的化學(xué)反應(yīng)而失活。
是否存在可避免以上缺點(diǎn)的制備無核酸酶水的方法呢?經(jīng)過默克純水研究人員測(cè)試超濾可以作為制備無核酸酶水的替代方法,處理方法方便安全。這個(gè)過程使用中空纖維根據(jù)其孔徑分離污染物。一次性濾頭內(nèi)含標(biāo)稱分子量(NMWL)13 000 Da的聚砜超濾纖維(圖2)。
圖2 Biopak®濾頭中用于超濾的聚砜中空纖維。
研究人員用超純水溶解核糖核酸酶A并分成三份:(1)用DEPC處理并高壓滅菌;(2)通過Biopak超濾終端進(jìn)行處理;(3)未處理。 將rRNA加入到每個(gè)溶液中,孵育20分鐘,然后進(jìn)行變性瓊脂糖凝膠電泳。
圖3 rRNA的凝膠電泳結(jié)果,所用的核糖核酸酶溶液分別是DEPC處理、超濾處理與未處理。
圖3電泳結(jié)果顯示當(dāng)使用超濾過濾核糖核酸酶溶液時(shí),rRNA保持了完整。同時(shí),使用常規(guī)DEPC處理核糖核酸酶溶液也能防止rRNA降解。作為對(duì)照,當(dāng)核糖核酸酶溶液未處理時(shí),rRNA被降解。這表明了使用超濾去除核糖核酸酶與通過DEPC處理滅活效果相當(dāng)。
許多分子生物學(xué)應(yīng)用都需要無核酸酶的水。與耗時(shí)又麻煩的DEPC處理方法不同,通過水純化系統(tǒng)的超濾終端方式獲得無核酸酶的水,是一種安全又便捷的方法。這種方法對(duì)科研有很多好處:
按需,方便。當(dāng)需要時(shí),可以非常容易地生產(chǎn)新鮮純化的無核酸酶的水。沒有必要提前訂購(gòu)瓶裝無核酸酶的水,或花時(shí)間制備DEPC水。
沒有風(fēng)險(xiǎn)。不需要化學(xué)品操作。另外,由于沒有添加化學(xué)物質(zhì)到水中,所以沒有其他試劑干擾的風(fēng)險(xiǎn)。
高純度無核酸酶的水。超濾技術(shù)是從水中直接除去核酸酶而不是僅僅使他們滅活。因?yàn)檫^濾終端被設(shè)計(jì)成直接連接到水純化系統(tǒng)的出口,例如Milli-Q®,可以非常方便的獲得無核酸酶的超純水。