宏病毒組測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:59:53
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大家好，這是專注表觀組學(xué)十余年。
病毒宏基因組學(xué)（Meta-virome）是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上，結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個新的學(xué)科分支，是某類樣本中的病毒(virus)或病毒類似物(virus-like-particle)及其所攜帶遺傳信息的總稱。宏病毒組直接以環(huán)境中的病毒的遺傳物質(zhì)為研究對象，能夠快速準(zhǔn)確的鑒定出環(huán)境中所有的病毒組成，在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可應(yīng)用于人或動物腸道或者血液樣本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潛在的對人類和環(huán)境的危害。
易基因科技同丹麥哥本哈根大學(xué)微生物課題組聯(lián)合開發(fā)高效的宏病毒組顆粒富集方法，可對微量樣本進(jìn)行病毒顆粒富集，并保證病毒活性及高均質(zhì)性，為宏病毒組學(xué)、噬菌體與細(xì)菌之間的互作關(guān)系等研究提供優(yōu)良技術(shù)支持，保駕護(hù)航！
研究方向：
宏病毒組學(xué)研究在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用：
農(nóng)業(yè)領(lǐng)域：環(huán)境污染、生態(tài)系統(tǒng)破壞和作物殘留化學(xué)物質(zhì)。
生態(tài)環(huán)境領(lǐng)域：調(diào)控寄主群落結(jié)構(gòu)、參與元素地球化學(xué)循環(huán)、基因水平移動媒介。
醫(yī)藥領(lǐng)域：噬菌體和噬菌體療法的研究、人體腸道病毒組研究。
技術(shù)優(yōu)勢：
對樣本進(jìn)行病毒顆粒富集，實(shí)現(xiàn)微量樣本中的病毒組進(jìn)行有效分離。
對噬菌體不造成損傷，大程度保證了病毒活性，適用于下游FVT研究。
相較于傳統(tǒng)的PEG，CsCl等方法，均質(zhì)性高，噬菌體偏好性低。
全面的數(shù)據(jù)分析策略，定制的多組學(xué)關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)挖掘。
技術(shù)路線：
實(shí)驗(yàn)策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
經(jīng)典案例：
醫(yī)學(xué)方向（合作團(tuán)隊(duì)研究）
噬菌體是糞便病毒組的主要成員，糞便病毒組移植（FVT）或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。Gut發(fā)表了來自丹麥哥本哈根大學(xué)團(tuán)隊(duì)（易基因合作方）的研究，在該項(xiàng)概念驗(yàn)證試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后，飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢，同時還能保持正常的血糖指標(biāo)，F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護(hù)性功能代謝作用。這項(xiàng)研究表明，F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。
醫(yī)學(xué)方向（合作團(tuán)隊(duì)研究）
對豬糞便樣本的病毒組和微生物組分析表明，噬菌體和原噬菌體很少攜帶抗生素抗性基因
Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.
背景：
了解抗生素抗性基因（ARGs）的傳播對人類健康至關(guān)重要。為此，有必要確定哪種類型的可移動基因元件（MGEs）能夠?qū)⑺鼈儚膭游锼拗鱾鞑サ饺祟惒≡w中。先前研究表明，在豬糞便中，抗生素抗性基因（ARGs）可能由噬菌體編碼。然而由于細(xì)菌DNA污染問題，仍然缺乏令人信服的證據(jù)證明豬病毒組中的噬菌體編碼ARGs。
方法：
收集14個豬或仔豬的糞便樣本，使用標(biāo)準(zhǔn)程序?qū)兓牟《窘M（VP）和總微生物組（P）進(jìn)行DNA提取進(jìn)行深度測序分析，以研究噬菌體和原噬菌體編碼的ARGs。
結(jié)論：
本研究結(jié)果顯示ARGs不存在于活性病毒體形成的噬菌體基因組中（低于病毒組中病毒重疊群的0.02%），但存在于三個原噬菌體中，占微生物組數(shù)據(jù)集中鑒定的病毒重疊群的0.02%。然而在病毒組中沒有檢測到對應(yīng)的噬菌體，其遺傳圖譜表明可能有缺陷。研究結(jié)果表明在豬糞便樣本中，噬菌體和原噬菌體很少攜帶ARGs。此外，本研究數(shù)據(jù)全面了解了前噬菌體和病毒顆粒之間的相互作用，并揭示了inoviruses和Oengus-like兩大噬菌體分支。
在豬糞便樣本噬菌體和原噬菌體重疊群中發(fā)現(xiàn)的ARGs
參考文獻(xiàn)：
①Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model DOI: 10.1136/gutjnl-2019-320005
②Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.
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