環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務(wù)

實(shí)驗(yàn)技術(shù)簡介: 環(huán)狀RNA (ircRNA) 是區(qū)別于傳統(tǒng)線性RNA的一類新型RNA,具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中。大部分的環(huán)狀RNA是由外顯子序列構(gòu)成，在不同的物種中具有保守性,同時(shí)存在組織及不同發(fā)育階段的表達(dá)特異性。由于環(huán)狀RNA對核酸酶不敏感，所以比線性RNA更為穩(wěn)定， 這使得環(huán)狀RNA在作為新型診斷標(biāo)記物的開發(fā)應(yīng)用上具有明顯優(yōu)勢。近來研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱之為競爭性內(nèi)源RNA (ceRNA) ， 能競爭性結(jié)合miRNA。而與疾病關(guān)聯(lián)性miRNA的相互作用說明環(huán)狀RNA對疾病的調(diào)控起著非常重要的作用。

實(shí)驗(yàn)操作流程:

1、樣品RNA抽提

2、RNA質(zhì)量檢測

①使用Nanodrop測定RNA在分光光度計(jì)260nm、280nm和230nm的吸收值，以計(jì)算濃度并評(píng)估純度。

②用甲醛電泳試劑進(jìn)行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。

③提供RNA QC報(bào)告。

3、RNase R處理

4、cDNA/aRNA樣品合成和標(biāo)記

5、標(biāo)記效率質(zhì)量檢測使用Nanodrop檢測熒光標(biāo)記效率，標(biāo)記效率合格以保證后續(xù)芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。

6、芯片雜交

在標(biāo)準(zhǔn)條件下將標(biāo)記好的探針和高密度基因組芯片進(jìn)行雜交。

7、圖像采集和數(shù)據(jù)分析

使用GenePix 4000B芯月掃描儀掃描芯片的熒光強(qiáng)度,并將實(shí)驗(yàn)結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析運(yùn)算。

8、提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告

①Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像;

②Scatter Plot:散點(diǎn)圖，X軸為Control信號(hào)值，Y軸為Experiment信號(hào)值， 表示信號(hào)數(shù)據(jù)總體分布趨勢;

③Raw Data:探針的掃描熒光信號(hào)強(qiáng)度原始數(shù)據(jù);

④Normalized Data:經(jīng)過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法標(biāo)準(zhǔn)化后數(shù)值;

⑤P-value: T-test統(tǒng)計(jì)分析顯著差異表達(dá)的基因，p-value越小， 該circRNA在兩組樣本間差異表達(dá)越顯著

⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:顯著差異表達(dá)的circRNA列表包含Fold Change, p-valuel以及circRNA的詳細(xì)注釋信息(相應(yīng)的線性mRNA和miRNA結(jié)合位點(diǎn))。

客戶提供:

1、實(shí)驗(yàn)對象為組織樣品，取適量(50-100mg) 新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用

BioPulverizer TM冰凍粉碎組織，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (Invitrogen) ，使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。

2、實(shí)驗(yàn)對象為細(xì)胞樣品，每份樣品取1x106~ 1x107細(xì)胞，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (樣品為貼壁細(xì)胞，每10cm2培養(yǎng)皿TRIzo1使用量為1ml)，裂解后抽提RNA。

交付標(biāo)準(zhǔn):

1、芯片檢測數(shù)據(jù)

2、完整的實(shí)驗(yàn)操作規(guī)程、實(shí)驗(yàn)報(bào)告(含軟件分析結(jié)果)以及實(shí)驗(yàn)材料